Uma das estações mais precárias de toda a rede de transporte é Jundiapeba. Há décadas sem qualquer tipo de reforma ou melhoria, a estação deverá ser completamente reconstruída após a concessão das linhas do Lote Alto Tietê.
O Empreendimento EST 016 – Reconstrução da Estação Jundiapeba prevê que a atual parada seja demolida e reconstruída totalmente. A estação atual possui 6,4 mil m² e demanda de 7,5 mil passageiros por dia.
Reconstrução
Toda a estrutura existente da estação será demolida com exceção do prédio principal que é histórico. Neste ambiente será abrigado o novo bicicletário da estação. Todo o restante deverá ser reconstruído.

A estação nova deverá ter dois acessos localizados na porção norte e sul da estação na rua Dona Áurea Martins dos Anjos e na confluência das avenidas Joaquim Pereira de Carvalho com a Guilherme George.
Estes acessos deverão levar o passageiro até uma passarela de transposição das vias férreas que será conectada na região central pelo mezanino da estação. O acesso vertical será feito por escadas fixas, rolantes e elevadores.

No mezanino centralizado estarão localizadas bilheterias, linhas de bloqueios e SSO. Na área interna estarão disponíveis sanitários, escadas fixas, rolantes e elevadores.
A nova estação será construída em plataforma central com 190 metros de comprimento. A reconstrução exigirá o uso de áreas do lavador de trens de Jundiapeba. Este deverá ser deslocado para uma nova localizada para o início das obras.

O projeto da estação deverá contemplar ainda nova comunicação visual, sistema de captação de águas pluviais, sistema de proteção contra descargas atmosféricas, sistema de gerador diesel e no-break.
A passagem em nível existente será fechada. Em seu lugar se propõe a construção de um túnel subterrâneo que passará abaixo da estação.
A concessão das linhas 11, 12 e 13 tem previsão para ser realizada no primeiro trimestre de 2025. Confira também as matérias das demais estações:
- EST 001 – Estação Barra Funda
- EST 002 – Estação Bom Retiro
- EST 003 – Estação Luz
- EST 004 – Estação Brás
- EST 005 – Estação Tatuapé
- EST 006 – Estação Itaquera
- EST 007 – Estação Dom Bosco (Excluida)
- EST 008 – Estação José Bonifácio (Excluida)
- EST 009 – Estação Guaianases
- EST 010 – Estação Lajeado
- EST 011 – Estação Antônio Gianetti Neto
- EST 012 – Estação Ferraz de Vasconcelos (Excluida)
- EST 013 – Estação Poá
- EST 014 – Estação Calmon Viana
- EST 015 – Estação Suzano