A acessibilidade é um dos pontos fortes que deverão ser trabalhados na PPP do Trem Intercidades. Dentro deste tópico encontra-se o empreendimento para a readequação da estação de Vila Clarice, da Linha 7-Rubi, uma das paradas mais afetadas pelo problema do desnível entre os trens e as plataformas.
A estação de Vila Clarice foi construída nos anos 50 e passou por algumas ampliações e reformas ao longo de sua história. Como já visto em muitas situações, a questão da acessibilidade nunca foi uma prioridade das antigas gestões, haja visto o espaçamento entre o trem e a plataforma na estação, o que representa não só uma irregularidade dentro das normas existentes, mas um verdadeiro risco a segurança e integridade dos passageiros.
Além deste problema a estação também não conta com a livre passagem entre as plataformas. Para o passageiro realizar o embarque na plataforma oposta ele deverá utilizar-se da passarela que está na área gratuita da estação
Entretanto, a estação deverá passar por uma série de adequações que poderão transformá-la. O projeto contempla manter parte das edificações existentes e de implantar melhorias. As plataformas deverão ser totalmente adequadas quanto ao seu desnível. Enquanto a plataforma 1 (sentido Jundiaí) será reaproveitada, a plataforma 2 (sentido Rio Grande da Serra) será demolida e reconstruída.
Também está previsto no projeto a construção de uma nova passarela que contará com áreas de circulação livre e uma área paga, unificando e permitindo a passagem dos passageiros por ambas as plataformas. A passarela terá oito metros de largura, sendo que metade desse espaço será dedicado para a área paga da estação. Serão implantadas uma nova bilheteria, SSO e linha de bloqueios.
A nova passarela também trará outras vantagens, uma vez que permitirá o fácil acesso dos passageiros com mobilidade reduzida. A escadaria existente no acesso oeste será substituída por uma rampa suave que melhora a caminhabilidade e a locomoção. Dois novos elevadores serão implantados na área paga da estação, um para cada plataforma.
No lado leste da estação a passarela será prolongada de forma que possa cruzar o grande vão que será destinado para as novas linhas do TIC e dos trens de carga que farão um traçado diferente do que existe atualmente.
Antes das obras ocorrerem, o poder concedente deverá realizar alguns investimentos prévios. Segundo os anexos da consulta pública as primeiras melhorias deverão ocorrer no acesso leste que deverá ganhar uma passarela provisória, um elevador e rampas de acesso. Atualmente esse acesso é majoritariamente utilizado por militares. Os investimentos se justificam pela utilização da área para a construção de novas vias da MRS e do TIC